正しく修正した申告書を「訂正申告書」として再提出します。前に提出した申告書は無効になり、再提出した訂正申告書が有効になります。電子申告の場合は、最初の申告と同じように送信すれば後で送信したものが有効になります。
申告期限後5年以内に限り、前に提出した申告書の訂正を求める更生の請求書を提出することができます。
税務署がその内容を検討し請求が正当な場合は納め過ぎた税金が還付されます。
ただし、確定申告のときに納税者が適用するかどうかや申告するかどうかを選択できることとなっているものについてその選択の意思表示の撤回を原因とする更正の請求は認められません。
また、期限後にした還付申告に対する更正の請求は、申告書提出後5年以内に限り、更生の請求をすることができます。
税額の誤りに気づいたときは、申告期限から7年以内なら、いつでも修正申告書を提出することができます。
新たに納付する税額は修正申告書を提出する日までに納付することになります。
自ら修正申告書を提出する前に税務署から指摘を受けて修正申告をした場合は過少申告加算税（追加税額の10％又は15％）がかかりますので、誤りに気づいたら速やかに税務署に出向き修正申告をすることをお勧めします。
その間に確定申告をしている人でしたら、更生の請求は申告期限後5年以内に限られますので更正の請求はできませんので税金は取り戻せません。
しかし、会社員などで毎年、年末調整のみで確定申告をしていない人なら、その年（最高5年前）までさかのぼって確定申告をすることで税金を取り戻すことができます。